Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości, która będzie odpowiedzialna za obsługę podmiotów z sektora MSP oraz Narodowe Centrum Badań i Rozwoju, które będzie się skupiało na obsłudze dużych przedsiębiorstw oraz tych definiowanych jako small mid-cap i mid cap. O tym jakiego rodzaju są to przedsiębiorstwa i czym się charakteryzują możesz przeczytać tutaj. 

Taki podział kompetencji pomiędzy te dwie instytucje wynika przede wszystkim ze zmiany podejścia we wdrażaniu funduszy unijnych. Dotychczas przedsiębiorstwa, które były zainteresowane dofinansowaniem prowadzenia prac badawczych najczęściej aplikowały do NCBiR, z kolei podmioty chcące skorzystać ze wsparcia celem wdrożenia już posiadanych wyników B+R ubiegały się o wparcie w PRAP lub Banku Gospodarstwa Krajowego (BGK). Poprzednia perspektywa finansowa zakładała wydatkowanie funduszy unijnych w taki sposób, że najpierw należało przedsiębiorstwom stworzyć warunki do kreowania innowacji poprzez wsparcie w zakresie prowadzenia prac B+R lub zakupie odpowiedniej infrastruktury, a dopiero później ich efekty mogły zostać skomercjalizowane w postaci nowych produktów czy usług. Rzeczywistość jednak pokazała, że wiele firm z uwagi na ograniczone zasoby lub niewystraczającą ilość czasu nie miała możliwości skorzystać z ubiegania się o wsparcie z funduszy unijnych na inwestycje w celu komercjalizacji wypracowanych wyników B+R. W nowej perspektywie mechanizm ten ma ulec zmianie, przez co fundusze europejskie dla polskich przedsiębiorców staną się bardziej dostępne.